第二代多肽合成儀誕生在上世紀(jì)八十年代。
 

　　代表產(chǎn)品是Protein Technologies公司推出的PS3 Peptide Synthesizer以及Advanced ChemTech公司推出的ACT peptide synthesizer Model 90。
 

　　標(biāo)志性特點(diǎn)是溫和反應(yīng)法合成多肽，一般可分為單純氮?dú)夤呐莺蛽u動式兩種。第二代多肽合成儀PS3 的設(shè)計原理是采用氮?dú)夤呐莸姆磻?yīng)方式來對反應(yīng)物進(jìn)行攪拌，即合成儀上反應(yīng)器是固定的，氮?dú)鈴姆磻?yīng)器的下方通過反應(yīng)器到上部排出，在這一過程中產(chǎn)生的汽泡把固相和液相混合起來。
 

　　這樣設(shè)計的好處是結(jié)構(gòu)簡單，成本低，但反應(yīng)相對溫和:1)有時候多肽-固相載體在靜電作用下會"抱團(tuán)"，使其不能與液相充分混合，在這種情況下需要調(diào)高氮?dú)獾膲毫σ韵o電作用;
 

　　而在靜電作用消除后要把壓力立刻調(diào)低，不然的話較高的壓力會把多肽-固相載體"吹"到反應(yīng)器液面上方。
 

　　由于多肽-固相載體具有較強(qiáng)的粘壁性，一旦被粘到反應(yīng)器液面上方就再也無法下來，也就是無法再參加反應(yīng)。顯然一代機(jī)器是無法自動作這樣的壓力調(diào)整的，這就是造成反應(yīng)"死角"的重要原因。
 

　　反應(yīng)死角會降低多肽合成的效率和多肽的純度，有的甚至造成合成的失敗。
 

　　2)長時間氮?dú)夤呐輹谷芤簱]發(fā)，液面降低后一部分多肽-固相載體就粘在液面上方，也無法再參加反應(yīng)。
 

　　3)氮?dú)庀牧看螅\(yùn)行成本增大。 A
 

　　CT90的設(shè)計原理是反應(yīng)器在直立下圍繞原點(diǎn)作左右擺動，或者圓周運(yùn)動。ACT的多肽合成儀同樣具有反應(yīng)溫和的特點(diǎn)，即轉(zhuǎn)動角度與速度都不能夠*達(dá)到氨基酸耦合的極限，反應(yīng)往往需要更長的時間。